Zgodnie z art. 229 pkt. 7 ustawy z dnia 14 czerwca 1960 r. Kodeks postępowania administracyjnego (tekst jednolity – Dz. U. z 2018 r., poz. 2096 ze zm.)  organem właściwym do rozpatrzenia skargi na samorządowe kolegia odwoławcze jest organ bezpośrednio sprawujący nad nimi nadzór tj. Prezes Rady Ministrów, lub z jego powierzenia Minister Spraw Wewnętrznych i Administracji.

Wskazanie organów nadzoru nad samorządowymi kolegiami odwoławczymi oraz zakres    tego nadzoru, zawarte jest w art. 3a ust. 1-5 ustawy z dnia 12 października 1994 r. o samorządowych kolegiach odwoławczych (tekst jednolity – Dz. U. z 2018 r., poz. 570).   

„1. Nadzór nad działalnością administracyjną kolegiów sprawuje Prezes Rady Ministrów.

2. Prezes Rady Ministrów może powierzyć wykonywanie nadzoru, o którym mowa w ust. 1, ministrowi właściwemu do spraw administracji publicznej.

3. (uchylony).

4. Sprawowanie nadzoru nad działalnością administracyjną kolegiów polega w szczególności na:

1)    przeprowadzaniu kontroli organizacji i warunków pracy kolegiów, w tym na badaniu:

a) prawidłowości stosowania przepisów regulaminu organizacyjnego,

b) terminowości załatwiania spraw oraz stanu zaległości, ze szczególnym uwzględnieniem spraw, w których postępowanie administracyjne trwa dłużej niż 6 miesięcy,

c)  prowadzenia ksiąg i innych urządzeń ewidencyjnych oraz rzetelności sporządzania informacji o działalności kolegium;

2)    analizie rocznych informacji o działalności kolegium;

3)    rozpatrywaniu skarg na pozaorzeczniczą działalność kolegiów;

4)    badaniu zachowania trybu i wymogów wyłaniania kandydatów na prezesa kolegium;

5)    badaniu zachowania trybu i wymogów wyłaniania kandydatów na członków kolegium;

6)    badaniu prawidłowości przeprowadzonego postępowania wyjaśniającego w celu ustalenia okoliczności faktycznych i prawnych uzasadniających odwołanie prezesa kolegium;

7)    badaniu prawidłowości przeprowadzonego postępowania wyjaśniającego i postępowania dyscyplinarnego w celu ustalenia okoliczności faktycznych i prawnych uzasadniających ukaranie członka kolegium.

5. Organ nadzoru sprawuje nadzór nad kolegiami przy pomocy komórki organizacyjnej właściwej do spraw nadzoru lub właściwej do spraw kontroli”.