Z racji charakteru organu jakim są SKO należy stwierdzić, że sprawy przyjmowane są głównie w formie odwołań od decyzji i zażaleń na postanowienia. Zgodnie zaś z przepisami KPA i Ordynacji podatkowej odwołania i zażalenia wnosi się do SKO za pośrednictwem organu, który daną decyzję lub postanowienie wydał. Wyjątkiem od tej zasady jest sytuacja gdy to SKO wydało decyzję jako organ I Instancji - wtedy wniosek o ponowne rozpatrzenie sprawy wnosi się bezpośrednio do SKO (osobiście lub za pośrednictwem poczty).